Flag observations above/below detection limits
Usage
cens_id(swmpr_in, ...)
# S3 method for class 'swmpr'
cens_id(swmpr_in, flag_type = "both", select = NULL, ...)
Value
Returns a swmpr object with additional columns for censored flag values and the appropriate flag type based on the input arguments. Censored flag columns are named with a c_
prefix.
Details
Censored observations are identified in swmpr objects using the CDMO flags -4 or -5, indicating outside the low or high sensor range, respectively. Additional codes are identified including A (-2007) or SUL (2007-) for above and B (-2007), SBL (2007-), SCB (2007-, calculated) for below detection limits. The QAQC columns are searched for all parameters and replaced with the appropriate value indicating the detection limit as defined by flag_type
. The default argument flag_type = 'both'
will recode the QAQC columns as -1, 0, or 1 indicating below, within, or above the detection limit. Setting flag_type = 'below'
or 'above'
will convert the columns to TRUE
/FALSE
values indicating observations beyond the detection limit (either above or below, TRUE
) or within the normal detection range FALSE
.
The output includes additional columns similar to those for QAQC flags, such that the column names for censored flags include a c_
prefix before the parameter name. Note that the function will of course not work if already processed with qaqc
. QAQC columns are retained for additional processing.
The user should refer to the metadata or visually examine the observed data to identify the actual limit, which may change over time.
Examples
## get data
data(apacpnut)
dat <- apacpnut
## convert all qaqc columns to censored flags, -1 below, 0 within, 1 above
cens_id(dat)
#> datetimestamp po4f f_po4f c_po4f nh4f f_nh4f c_nh4f no2f
#> 1 2002-04-02 11:55:00 0.004 <4> 0 0.0270 <4> 0 0.002
#> 2 2002-04-02 11:56:00 0.004 <4> 0 0.0290 <4> 0 0.002
#> 3 2002-04-30 11:15:00 0.014 <4> 0 0.1380 <4> 0 0.005
#> 4 2002-06-04 11:03:00 0.006 <4> 0 0.0490 <4> 0 0.002
#> 5 2002-07-02 09:53:00 0.014 <4> 0 0.0830 <4> 0 0.002
#> 6 2002-07-02 09:55:00 0.017 <4> 0 0.0930 <4> 0 0.002
#> 7 2002-08-06 12:13:00 0.011 <4> 0 0.0400 <4> 0 0.003
#> 8 2002-09-10 09:00:00 0.026 <4> 0 0.0390 <4> 0 0.003
#> 9 2002-10-08 08:55:00 0.009 <4> 0 0.0360 <4> 0 0.009
#> 10 2002-10-08 08:57:00 0.010 <4> 0 0.0370 <4> 0 0.009
#> 11 2002-11-04 10:05:00 0.007 <4> 0 0.0600 <4> 0 0.005
#> 12 2002-11-04 10:06:00 0.006 <4> 0 0.0620 <4> 0 0.006
#> 13 2002-12-02 12:10:00 0.011 <4> 0 0.0650 <4> 0 0.004
#> 14 2002-12-02 12:11:00 0.010 <4> 0 0.0570 <4> 0 0.004
#> 15 2003-01-06 10:30:00 0.014 <4> 0 0.1140 <4> 0 0.003
#> 16 2003-01-06 10:32:00 0.014 <4> 0 0.3600 <4> 0 0.003
#> 17 2003-02-03 11:10:00 0.004 <4> 0 0.0350 <4> 0 0.002
#> 18 2003-02-03 11:12:00 0.004 <4> 0 0.0400 <4> 0 0.002
#> 19 2003-03-03 10:20:00 0.016 <4> 0 0.0590 <4> 0 0.007
#> 20 2003-03-03 10:22:00 0.014 <4> 0 0.0640 <4> 0 0.005
#> 21 2003-04-08 08:30:00 0.025 <4> 0 0.1590 <4> 0 0.005
#> 22 2003-05-06 09:48:00 0.004 <4> 0 0.0540 <4> 0 0.007
#> 23 2003-05-06 09:50:00 0.003 <4> 0 0.0600 <4> 0 0.007
#> 24 2003-06-02 10:15:00 0.004 <4> 0 0.0520 <4> 0 0.009
#> 25 2003-06-02 10:17:00 0.003 <4> 0 0.0610 <4> 0 0.009
#> 26 2003-07-08 12:46:00 0.001 <4> B -1 0.0330 <4> 0 0.002
#> 27 2003-07-08 12:48:00 0.001 <4> B -1 0.0350 <4> 0 0.002
#> 28 2003-08-04 10:17:00 0.001 <4> B -1 0.0360 <4> 0 0.003
#> 29 2003-08-04 10:20:00 0.001 <4> B -1 0.0340 <4> 0 0.003
#> 30 2003-09-09 12:11:00 0.002 <4> 0 0.0140 <4> 0 0.005
#> 31 2003-09-09 12:13:00 0.003 <4> 0 0.0140 <4> 0 0.005
#> 32 2003-10-07 12:47:00 0.004 <4> 0 0.1050 <4> 0 0.002
#> 33 2003-10-07 12:50:00 0.005 <4> 0 0.1440 <4> 0 0.002
#> 34 2003-11-05 09:37:00 0.003 <4> 0 0.0170 <4> 0 0.002
#> 35 2003-11-05 09:40:00 0.004 <4> 0 0.0170 <4> 0 0.002
#> 36 2003-12-08 10:55:00 0.002 <4> 0 0.0040 <4> B -1 0.002
#> 37 2003-12-08 11:00:00 0.001 <4> 0 0.0040 <4> B -1 0.002
#> 38 2004-01-08 10:50:00 0.001 <4> B -1 0.0050 <4> 0 0.002
#> 39 2004-01-08 10:52:00 0.001 <4> B -1 0.0080 <4> 0 0.002
#> 40 2004-02-09 11:55:00 0.001 <4> 0 0.0040 <4> 0 0.002
#> 41 2004-02-09 12:00:00 0.001 <4> B -1 0.0060 <4> 0 0.002
#> 42 2004-03-09 11:10:00 0.002 <4> 0 0.0270 <4> 0 0.003
#> 43 2004-03-09 11:12:00 0.002 <4> 0 0.0340 <4> 0 0.003
#> 44 2004-04-05 09:50:00 0.001 <4> 0 0.0200 <4> 0 0.002
#> 45 2004-04-05 09:55:00 0.001 <4> 0 0.0210 <4> 0 0.002
#> 46 2004-05-04 10:05:00 0.006 <4> 0 0.0840 <4> 0 0.005
#> 47 2004-05-04 10:07:00 0.008 <4> 0 0.0870 <4> 0 0.004
#> 48 2004-06-07 09:16:00 0.005 <4> 0 0.0590 <4> 0 0.004
#> 49 2004-06-07 09:18:00 0.008 <4> 0 0.0600 <4> 0 0.004
#> 50 2004-07-06 08:55:00 0.001 <4> B -1 0.0560 <4> 0 0.006
#> 51 2004-07-06 09:00:00 0.001 <4> B -1 0.0600 <4> 0 0.006
#> 52 2004-08-02 12:40:00 0.001 <4> B -1 0.0140 <4> 0 0.002
#> 53 2004-08-02 12:42:00 0.001 <4> B -1 0.0060 <4> 0 0.002
#> 54 2004-09-08 14:05:00 0.002 <4> 0 0.0480 <4> 0 0.011
#> 55 2004-09-08 14:10:00 0.004 <4> 0 0.0450 <4> 0 0.013
#> 56 2004-10-04 10:07:00 NA <4> D 0 0.0460 <4> 0 0.010
#> 57 2004-10-04 10:10:00 NA <4> D 0 0.0500 <4> 0 0.013
#> 58 2004-11-08 10:15:00 0.002 <4> 0 0.0160 <4> 0 0.010
#> 59 2004-11-08 10:18:00 0.002 <4> 0 0.0200 <4> 0 0.013
#> 60 2004-11-30 12:01:00 0.005 <4> 0 0.0170 <4> 0 0.005
#> 61 2004-11-30 12:03:00 0.009 <4> 0 0.0200 <4> 0 0.005
#> 62 2005-01-04 10:46:00 0.004 <4> 0 0.0310 <4> 0 0.002
#> 63 2005-01-04 10:49:00 0.004 <4> 0 0.0240 <4> 0 0.002
#> 64 2005-02-07 11:17:00 0.001 <4> 0 0.0190 <4> 0 0.012
#> 65 2005-02-07 11:19:00 0.001 <4> 0 0.0180 <4> 0 0.012
#> 66 2005-03-02 12:55:00 0.001 <4> 0 0.0040 <4> 0 0.024
#> 67 2005-03-02 12:58:00 0.001 <4> 0 0.0090 <4> 0 0.018
#> 68 2005-04-04 11:50:00 0.005 <4> 0 0.0460 <4> 0 0.024
#> 69 2005-04-04 11:52:00 0.005 <4> 0 0.0470 <4> 0 0.024
#> 70 2005-05-02 10:45:00 0.005 <4> 0 0.0310 <4> 0 0.010
#> 71 2005-05-02 10:47:00 0.004 <4> 0 0.0300 <4> 0 0.009
#> 72 2005-06-06 10:08:00 0.003 <4> 0 0.0210 <4> 0 0.008
#> 73 2005-06-06 10:10:00 0.004 <4> 0 0.0220 <4> 0 0.008
#> 74 2005-08-09 09:28:00 0.002 <4> 0 0.0310 <4> 0 0.003
#> 75 2005-08-09 09:31:00 0.002 <4> 0 0.0340 <4> 0 0.003
#> 76 2005-09-08 09:25:00 0.001 <4> 0 0.0790 <4> 0 0.004
#> 77 2005-09-08 09:28:00 0.001 <4> 0 0.0860 <4> 0 0.004
#> 78 2005-10-03 09:25:00 0.001 <4> 0 0.0400 <4> 0 0.003
#> 79 2005-10-03 09:27:00 0.001 <4> 0 0.0420 <4> 0 0.003
#> 80 2005-11-08 11:10:00 0.002 <4> 0 0.0090 <4> 0 0.002
#> 81 2005-11-08 11:12:00 0.002 <4> 0 0.0080 <4> 0 0.002
#> 82 2005-11-29 13:45:00 0.001 <4> B -1 0.0040 <4> 0 0.002
#> 83 2005-11-29 13:47:00 0.001 <4> B -1 0.0040 <4> 0 0.002
#> 84 2006-01-03 12:01:00 0.001 <4> 0 0.0180 <4> 0 0.003
#> 85 2006-01-03 12:03:00 0.002 <4> 0 0.0160 <4> 0 0.004
#> 86 2006-02-01 11:15:00 0.002 <4> 0 0.0210 <4> 0 0.004
#> 87 2006-02-01 11:20:00 0.002 <4> 0 0.0220 <4> 0 0.004
#> 88 2006-03-01 12:16:00 0.002 <4> 0 0.0360 <4> 0 0.004
#> 89 2006-03-01 12:18:00 0.001 <4> 0 0.0350 <4> 0 0.004
#> 90 2006-04-04 11:27:00 0.002 <4> 0 0.0830 <4> 0 NA
#> 91 2006-04-04 11:29:00 0.002 <4> 0 0.0830 <4> 0 NA
#> 92 2006-05-02 11:10:00 NA <4> M 0 NA <4> M 0 NA
#> 93 2006-05-02 11:12:00 NA <4> M 0 NA <4> M 0 NA
#> 94 2006-06-07 11:07:00 NA <4> M 0 NA <4> M 0 NA
#> 95 2006-06-07 11:10:00 NA <4> M 0 NA <4> M 0 NA
#> 96 2006-07-05 09:28:00 NA <4> M 0 NA <4> M 0 NA
#> 97 2006-07-05 09:30:00 NA <4> M 0 NA <4> M 0 NA
#> 98 2006-08-08 09:50:00 0.006 <4> 0 0.0100 <4> 0 NA
#> 99 2006-08-08 09:55:00 0.006 <4> 0 0.0100 <4> 0 NA
#> 100 2006-09-06 09:30:00 0.002 <4> 0 0.0500 <4> 0 NA
#> 101 2006-09-06 09:34:00 0.002 <4> 0 0.0510 <4> 0 NA
#> 102 2006-10-03 10:29:00 0.006 <4> 0 0.0460 <4> 0 NA
#> 103 2006-10-03 10:31:00 0.007 <4> 0 0.0340 <4> 0 NA
#> 104 2006-11-01 09:47:00 0.009 <4> 0 0.0300 <4> 0 NA
#> 105 2006-11-01 09:49:00 0.009 <4> 0 0.0300 <4> 0 NA
#> 106 2006-11-28 12:29:00 0.001 <4> B -1 0.0040 <4> B -1 NA
#> 107 2006-11-28 12:31:00 0.001 <4> 0 0.0040 <4> B -1 NA
#> 108 2007-01-09 12:34:00 0.007 <0> 0 0.0450 <0> 0 NA
#> 109 2007-01-09 12:36:00 0.006 <0> 0 0.0480 <0> 0 NA
#> 110 2007-02-05 10:34:00 0.002 <0> 0 0.0110 <0> 0 NA
#> 111 2007-02-05 10:36:00 0.002 <0> 0 0.0080 <0> 0 NA
#> 112 2007-03-06 11:28:00 0.002 <-4> [SBL] -1 0.0270 <0> 0 NA
#> 113 2007-03-06 11:32:00 0.002 <-4> [SBL] -1 0.0260 <0> 0 NA
#> 114 2007-03-06 11:35:00 0.003 <0> 0 0.0300 <0> 0 NA
#> 115 2007-04-09 09:44:00 0.002 <-4> [SBL] -1 0.0330 <0> 0 NA
#> 116 2007-05-08 08:30:00 0.003 <0> 0 0.0910 <0> 0 NA
#> 117 2007-06-05 08:11:00 0.009 <0> 0 0.0750 <0> 0 NA
#> 118 2007-07-10 08:00:00 0.002 <-4> [SBL] -1 0.0590 <0> 0 NA
#> 119 2007-08-07 08:12:00 0.002 <-4> [SBL] -1 0.0670 <0> 0 NA
#> 120 2007-09-10 10:23:00 0.006 <0> 0 0.0110 <0> 0 NA
#> 121 2007-10-09 09:08:00 0.006 <0> 0 0.0270 <0> 0 NA
#> 122 2007-11-05 13:50:00 0.002 <-4> [SBL] -1 0.0160 <0> 0 NA
#> 123 2007-12-04 12:30:00 0.004 <0> 0 0.0210 <0> 0 NA
#> 124 2008-01-06 11:44:00 0.003 <0> 0 0.0170 <0> 0 NA
#> 125 2008-02-11 11:40:00 0.002 <-4> [SBL] -1 0.0300 <0> 0 NA
#> 126 2008-02-11 11:42:00 0.002 <-4> [SBL] -1 0.0310 <0> 0 NA
#> 127 2008-02-11 11:44:00 0.002 <-4> [SBL] -1 0.0300 <0> 0 NA
#> 128 2008-03-11 10:41:00 0.002 <0> 0 0.0640 <0> 0 NA
#> 129 2008-04-21 08:36:00 0.002 <0> 0 0.0240 <0> 0 NA
#> 130 2008-05-13 11:50:00 0.002 <-4> [SBL] -1 0.0450 <0> 0 NA
#> 131 2008-06-09 08:36:00 0.003 <0> 0 0.0480 <0> 0 NA
#> 132 2008-07-08 13:26:00 0.003 <0> 0 0.0380 <0> 0 NA
#> 133 2008-08-05 07:56:00 0.005 <0> 0 0.1100 <0> 0 NA
#> 134 2008-09-08 08:00:00 0.005 <0> 0 0.0970 <0> 0 NA
#> 135 2008-10-07 11:57:00 0.003 <0> 0 0.0160 <0> 0 NA
#> 136 2008-11-04 08:35:00 0.004 <0> 0 0.1450 <0> 0 NA
#> 137 2008-12-03 11:55:00 0.002 <0> (CHB) 0 0.0260 <0> 0 NA
#> 138 2009-01-13 10:29:00 0.002 <0> 0 0.0340 <0> 0 NA
#> 139 2009-02-10 13:03:00 0.002 <-4> [SBL] -1 0.0117 <-4> [SBL] -1 NA
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