Flag observations above/below detection limits
Usage
cens_id(swmpr_in, ...)
# S3 method for swmpr
cens_id(swmpr_in, flag_type = "both", select = NULL, ...)Arguments
- swmpr_in
input swmpr object
- ...
optional arguments passed to or from other methods
- flag_type
chr string indicating the flag type to return, must be one of
'below','above', or'both', see details- select
chr string of parameters to keep, defaults to all,
'datetimestamp'will always be kept
Value
Returns a swmpr object with additional columns for censored flag values and the appropriate flag type based on the input arguments. Censored flag columns are named with a c_ prefix.
Details
Censored observations are identified in swmpr objects using the CDMO flags -4 or -5, indicating outside the low or high sensor range, respectively. Additional codes are identified including A (-2007) or SUL (2007-) for above and B (-2007), SBL (2007-), SCB (2007-, calculated) for below detection limits. The QAQC columns are searched for all parameters and replaced with the appropriate value indicating the detection limit as defined by flag_type. The default argument flag_type = 'both' will recode the QAQC columns as -1, 0, or 1 indicating below, within, or above the detection limit. Setting flag_type = 'below' or 'above' will convert the columns to TRUE/FALSE values indicating observations beyond the detection limit (either above or below, TRUE) or within the normal detection range FALSE.
The output includes additional columns similar to those for QAQC flags, such that the column names for censored flags include a c_ prefix before the parameter name. Note that the function will of course not work if already processed with qaqc. QAQC columns are retained for additional processing.
The user should refer to the metadata or visually examine the observed data to identify the actual limit, which may change over time.
Examples
## get data
data(apacpnut)
dat <- apacpnut
## convert all qaqc columns to censored flags, -1 below, 0 within, 1 above
cens_id(dat)
#> datetimestamp po4f f_po4f c_po4f nh4f f_nh4f c_nh4f no2f
#> 1 2002-04-02 11:55:00 0.004 <4> 0 0.0270 <4> 0 0.002
#> 2 2002-04-02 11:56:00 0.004 <4> 0 0.0290 <4> 0 0.002
#> 3 2002-04-30 11:15:00 0.014 <4> 0 0.1380 <4> 0 0.005
#> 4 2002-06-04 11:03:00 0.006 <4> 0 0.0490 <4> 0 0.002
#> 5 2002-07-02 09:53:00 0.014 <4> 0 0.0830 <4> 0 0.002
#> 6 2002-07-02 09:55:00 0.017 <4> 0 0.0930 <4> 0 0.002
#> 7 2002-08-06 12:13:00 0.011 <4> 0 0.0400 <4> 0 0.003
#> 8 2002-09-10 09:00:00 0.026 <4> 0 0.0390 <4> 0 0.003
#> 9 2002-10-08 08:55:00 0.009 <4> 0 0.0360 <4> 0 0.009
#> 10 2002-10-08 08:57:00 0.010 <4> 0 0.0370 <4> 0 0.009
#> 11 2002-11-04 10:05:00 0.007 <4> 0 0.0600 <4> 0 0.005
#> 12 2002-11-04 10:06:00 0.006 <4> 0 0.0620 <4> 0 0.006
#> 13 2002-12-02 12:10:00 0.011 <4> 0 0.0650 <4> 0 0.004
#> 14 2002-12-02 12:11:00 0.010 <4> 0 0.0570 <4> 0 0.004
#> 15 2003-01-06 10:30:00 0.014 <4> 0 0.1140 <4> 0 0.003
#> 16 2003-01-06 10:32:00 0.014 <4> 0 0.3600 <4> 0 0.003
#> 17 2003-02-03 11:10:00 0.004 <4> 0 0.0350 <4> 0 0.002
#> 18 2003-02-03 11:12:00 0.004 <4> 0 0.0400 <4> 0 0.002
#> 19 2003-03-03 10:20:00 0.016 <4> 0 0.0590 <4> 0 0.007
#> 20 2003-03-03 10:22:00 0.014 <4> 0 0.0640 <4> 0 0.005
#> 21 2003-04-08 08:30:00 0.025 <4> 0 0.1590 <4> 0 0.005
#> 22 2003-05-06 09:48:00 0.004 <4> 0 0.0540 <4> 0 0.007
#> 23 2003-05-06 09:50:00 0.003 <4> 0 0.0600 <4> 0 0.007
#> 24 2003-06-02 10:15:00 0.004 <4> 0 0.0520 <4> 0 0.009
#> 25 2003-06-02 10:17:00 0.003 <4> 0 0.0610 <4> 0 0.009
#> 26 2003-07-08 12:46:00 0.001 <4> B -1 0.0330 <4> 0 0.002
#> 27 2003-07-08 12:48:00 0.001 <4> B -1 0.0350 <4> 0 0.002
#> 28 2003-08-04 10:17:00 0.001 <4> B -1 0.0360 <4> 0 0.003
#> 29 2003-08-04 10:20:00 0.001 <4> B -1 0.0340 <4> 0 0.003
#> 30 2003-09-09 12:11:00 0.002 <4> 0 0.0140 <4> 0 0.005
#> 31 2003-09-09 12:13:00 0.003 <4> 0 0.0140 <4> 0 0.005
#> 32 2003-10-07 12:47:00 0.004 <4> 0 0.1050 <4> 0 0.002
#> 33 2003-10-07 12:50:00 0.005 <4> 0 0.1440 <4> 0 0.002
#> 34 2003-11-05 09:37:00 0.003 <4> 0 0.0170 <4> 0 0.002
#> 35 2003-11-05 09:40:00 0.004 <4> 0 0.0170 <4> 0 0.002
#> 36 2003-12-08 10:55:00 0.002 <4> 0 0.0040 <4> B -1 0.002
#> 37 2003-12-08 11:00:00 0.001 <4> 0 0.0040 <4> B -1 0.002
#> 38 2004-01-08 10:50:00 0.001 <4> B -1 0.0050 <4> 0 0.002
#> 39 2004-01-08 10:52:00 0.001 <4> B -1 0.0080 <4> 0 0.002
#> 40 2004-02-09 11:55:00 0.001 <4> 0 0.0040 <4> 0 0.002
#> 41 2004-02-09 12:00:00 0.001 <4> B -1 0.0060 <4> 0 0.002
#> 42 2004-03-09 11:10:00 0.002 <4> 0 0.0270 <4> 0 0.003
#> 43 2004-03-09 11:12:00 0.002 <4> 0 0.0340 <4> 0 0.003
#> 44 2004-04-05 09:50:00 0.001 <4> 0 0.0200 <4> 0 0.002
#> 45 2004-04-05 09:55:00 0.001 <4> 0 0.0210 <4> 0 0.002
#> 46 2004-05-04 10:05:00 0.006 <4> 0 0.0840 <4> 0 0.005
#> 47 2004-05-04 10:07:00 0.008 <4> 0 0.0870 <4> 0 0.004
#> 48 2004-06-07 09:16:00 0.005 <4> 0 0.0590 <4> 0 0.004
#> 49 2004-06-07 09:18:00 0.008 <4> 0 0.0600 <4> 0 0.004
#> 50 2004-07-06 08:55:00 0.001 <4> B -1 0.0560 <4> 0 0.006
#> 51 2004-07-06 09:00:00 0.001 <4> B -1 0.0600 <4> 0 0.006
#> 52 2004-08-02 12:40:00 0.001 <4> B -1 0.0140 <4> 0 0.002
#> 53 2004-08-02 12:42:00 0.001 <4> B -1 0.0060 <4> 0 0.002
#> 54 2004-09-08 14:05:00 0.002 <4> 0 0.0480 <4> 0 0.011
#> 55 2004-09-08 14:10:00 0.004 <4> 0 0.0450 <4> 0 0.013
#> 56 2004-10-04 10:07:00 NA <4> D 0 0.0460 <4> 0 0.010
#> 57 2004-10-04 10:10:00 NA <4> D 0 0.0500 <4> 0 0.013
#> 58 2004-11-08 10:15:00 0.002 <4> 0 0.0160 <4> 0 0.010
#> 59 2004-11-08 10:18:00 0.002 <4> 0 0.0200 <4> 0 0.013
#> 60 2004-11-30 12:01:00 0.005 <4> 0 0.0170 <4> 0 0.005
#> 61 2004-11-30 12:03:00 0.009 <4> 0 0.0200 <4> 0 0.005
#> 62 2005-01-04 10:46:00 0.004 <4> 0 0.0310 <4> 0 0.002
#> 63 2005-01-04 10:49:00 0.004 <4> 0 0.0240 <4> 0 0.002
#> 64 2005-02-07 11:17:00 0.001 <4> 0 0.0190 <4> 0 0.012
#> 65 2005-02-07 11:19:00 0.001 <4> 0 0.0180 <4> 0 0.012
#> 66 2005-03-02 12:55:00 0.001 <4> 0 0.0040 <4> 0 0.024
#> 67 2005-03-02 12:58:00 0.001 <4> 0 0.0090 <4> 0 0.018
#> 68 2005-04-04 11:50:00 0.005 <4> 0 0.0460 <4> 0 0.024
#> 69 2005-04-04 11:52:00 0.005 <4> 0 0.0470 <4> 0 0.024
#> 70 2005-05-02 10:45:00 0.005 <4> 0 0.0310 <4> 0 0.010
#> 71 2005-05-02 10:47:00 0.004 <4> 0 0.0300 <4> 0 0.009
#> 72 2005-06-06 10:08:00 0.003 <4> 0 0.0210 <4> 0 0.008
#> 73 2005-06-06 10:10:00 0.004 <4> 0 0.0220 <4> 0 0.008
#> 74 2005-08-09 09:28:00 0.002 <4> 0 0.0310 <4> 0 0.003
#> 75 2005-08-09 09:31:00 0.002 <4> 0 0.0340 <4> 0 0.003
#> 76 2005-09-08 09:25:00 0.001 <4> 0 0.0790 <4> 0 0.004
#> 77 2005-09-08 09:28:00 0.001 <4> 0 0.0860 <4> 0 0.004
#> 78 2005-10-03 09:25:00 0.001 <4> 0 0.0400 <4> 0 0.003
#> 79 2005-10-03 09:27:00 0.001 <4> 0 0.0420 <4> 0 0.003
#> 80 2005-11-08 11:10:00 0.002 <4> 0 0.0090 <4> 0 0.002
#> 81 2005-11-08 11:12:00 0.002 <4> 0 0.0080 <4> 0 0.002
#> 82 2005-11-29 13:45:00 0.001 <4> B -1 0.0040 <4> 0 0.002
#> 83 2005-11-29 13:47:00 0.001 <4> B -1 0.0040 <4> 0 0.002
#> 84 2006-01-03 12:01:00 0.001 <4> 0 0.0180 <4> 0 0.003
#> 85 2006-01-03 12:03:00 0.002 <4> 0 0.0160 <4> 0 0.004
#> 86 2006-02-01 11:15:00 0.002 <4> 0 0.0210 <4> 0 0.004
#> 87 2006-02-01 11:20:00 0.002 <4> 0 0.0220 <4> 0 0.004
#> 88 2006-03-01 12:16:00 0.002 <4> 0 0.0360 <4> 0 0.004
#> 89 2006-03-01 12:18:00 0.001 <4> 0 0.0350 <4> 0 0.004
#> 90 2006-04-04 11:27:00 0.002 <4> 0 0.0830 <4> 0 NA
#> 91 2006-04-04 11:29:00 0.002 <4> 0 0.0830 <4> 0 NA
#> 92 2006-05-02 11:10:00 NA <4> M 0 NA <4> M 0 NA
#> 93 2006-05-02 11:12:00 NA <4> M 0 NA <4> M 0 NA
#> 94 2006-06-07 11:07:00 NA <4> M 0 NA <4> M 0 NA
#> 95 2006-06-07 11:10:00 NA <4> M 0 NA <4> M 0 NA
#> 96 2006-07-05 09:28:00 NA <4> M 0 NA <4> M 0 NA
#> 97 2006-07-05 09:30:00 NA <4> M 0 NA <4> M 0 NA
#> 98 2006-08-08 09:50:00 0.006 <4> 0 0.0100 <4> 0 NA
#> 99 2006-08-08 09:55:00 0.006 <4> 0 0.0100 <4> 0 NA
#> 100 2006-09-06 09:30:00 0.002 <4> 0 0.0500 <4> 0 NA
#> 101 2006-09-06 09:34:00 0.002 <4> 0 0.0510 <4> 0 NA
#> 102 2006-10-03 10:29:00 0.006 <4> 0 0.0460 <4> 0 NA
#> 103 2006-10-03 10:31:00 0.007 <4> 0 0.0340 <4> 0 NA
#> 104 2006-11-01 09:47:00 0.009 <4> 0 0.0300 <4> 0 NA
#> 105 2006-11-01 09:49:00 0.009 <4> 0 0.0300 <4> 0 NA
#> 106 2006-11-28 12:29:00 0.001 <4> B -1 0.0040 <4> B -1 NA
#> 107 2006-11-28 12:31:00 0.001 <4> 0 0.0040 <4> B -1 NA
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#> 109 2007-01-09 12:36:00 0.006 <0> 0 0.0480 <0> 0 NA
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#> 134 2008-09-08 08:00:00 0.005 <0> 0 0.0970 <0> 0 NA
#> 135 2008-10-07 11:57:00 0.003 <0> 0 0.0160 <0> 0 NA
#> 136 2008-11-04 08:35:00 0.004 <0> 0 0.1450 <0> 0 NA
#> 137 2008-12-03 11:55:00 0.002 <0> (CHB) 0 0.0260 <0> 0 NA
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